لم تقتصر حصيلة جوائز البرادعي على نوبل بل حصد عدة جوائز أخرى منها جائزة فرانكلين د. روزفلت للحريات الأربع (2006) (The Franklin D. Roosevelt Four Freedoms Award)
وجائزة الطبق الذهبي من الأكاديمية الاوروامريكية للإنجاز (The Golden Plate award from the American Academy of Achievement) وجائزة جيت تراينور (Jit Trainor) من جامعة جورجتاون للتميز في الأداء الدبلوماسي وجائزة أمن الإنسانية من مجلس العلاقات العامة الإسلامي (The Human Security award from the Muslim Public Affairs Council) وجائزة المؤسسة من مجلس كرانس مونتانا (The Prix de la Fondation award from the Crans Montana Forum) وجائزة الأثير، أعلى وسام وطني جزائري وجائزة الحمامة الذهبية للسلام من الرئيس الإيطالي .
وتوج البرادعي حصيلة التكريم بحصوله وشاح النيل من الطبقة العليا، وهو أعلى تكريم مدني من الحكومة المصرية .
وبسبب اضطلاع الوكالة الدولية للطاقة النووية بدور في التفتيش على الأسلحة النووية وبسبب السياسة الأمريكية الساعية إلى تقييد امتلاك دول لتلك التقنيات، فقد ثار حول محمد البرادعي جدل كانت السياسة الخارجية الأمريكية محركه الأساسي، خصوصا فيما تعلق بقضيتي أسلحة العراق قبل غزوها سنة 2003 والبرنامج النووي الإيراني.
وعارضت الولايات المتحدة تعيين محمد البرادعي لمدة ثالثة كرئيس للوكالة الدولية، كما أثارت صحيفة واشنطن بوست جدلا حول ما أعلنته من قيام الولايات المتحدة بالتنصت على مكالماته على أمل العثور على ما يساعدها على إزاحته عن رئاسة الوكالة.
و بالرغم من عدم وجود مترشحين منافسين على رئاسة الوكالة في ذلك الوقت، سعت الولايات المتحدة إلى إقناع رئيس الوزراء الأسترالي ألكسندر كونر بالترشح إلا إنه رفض فتأجل قرار مجلس محافظي الوكالة حتى نهاية مايو 2005، عندما أسقطت الولايات المتحدة اعتراضاتها على رئاسته في 9 يونيو بعد مقابلة بينه وبين كوندوليزا رايس وهو ما فتح الطريق أمام مجلس محافظي الوكالة للموافقة عليه في 13 يونيو.
و في نوفمبر 2009 وفي خضم جدل سياسي حول انتخابات رياسة الجمهورية المستحقة في مصر سنة 2011 والعوائق الدستورية الموضوعة أمام المترشحين بموجب المادة 76 المعدلة في 2007 وتكهنات حول تصعيد جمال ابن الرئيس حسني مبارك، أعلن محمد البرادعى احتمال ترشحه لانتخابات الرئاسة قي مصر مشترطًا لإعلان قراره بشكل قاطع وجود "ضمانات مكتوبة" حول نزاهة وحرية العملية الانتخابية.